В советские годы город Алатау (бывшее село Жетыген / бывшая Николаевка) окормлялся священниками села Байсерке (бывшая Дмитриевка). Но храма в селении не было.
27 ноября 1992 года на собрании православных жителей села в присутствии благочинного округа протоиерея Георгия Гуторова было постановлено обратиться к епархиальному архиепископу Алма-Атинскому и Семипалатинскому Алексию (Кутепову) (ныне – митрополит Тульский и Ефремовский), чтобы он благословил создание православного прихода в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского. 28 декабря 1992 года благословение было получено.
Новообразованную общину приписали к храму Димитрия Солунского в Байсерке.
Для окормления новосозданного прихода был назначен первый настоятель – иерей Андрей Просвиряков.
Первое время службы проводились на дому у прихожан.
В 1995 году по решению акимата Жетыгенского округа общине было выделено здание бывшего клуба АО «Аэрогеологеофизическая экспедиция».
В 1998 году решением акима Илийского района Н.Н. Логутова была выделена земля под храм. В этом же году началось строительство каменной церкви в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского. Одновременно с этим проходили службы в здании клуба АГГФЭ.
В 2000 году основные работы по строительству церкви были завершены. В этом же году владыка Алексий совершил первое архиерейское богослужение в новопостроенном храме.
4 ноября 2004 года указом митрополита Мефодия (Немцова) (ныне – митрополит Пермский и Кунгурский) настоятелем Иоанно-Кронштадтского прихода был назначен клирик Свято-Никольской церкви города Алма-Аты иерей Евгений Мельник.
В 2008 году на здание храма был установлен новый купол. В этом же году открыта воскресная школа.
В 2009 году проведены ремонт и роспись интерьера.
В 2012 году началось строительство духовно-просветительского комплекса в честь святителя Спиридона Тримифунтского и одноименного домового храма. На сегодняшний день возведены два этажа из трех. В помещении располагаются воскресшая школа и приходское здание.
Престол освящен викарием Астанайской епархии епископом Геннадием (Гоголевым) 14 июня 2013 года.
В 2015 в роще Баумана установлены крест и памятная доска священномученику Пимену, епископу Верненскому.
В этом же году началось строительство колокольни.
На полигоне НКВД Жаналык, который находится недалеко от храма, захоронены в братских могилах прославленные Церковью исповедники и мученики и непрославленные священнослужители и монахи. Настоятель регулярно совершает литии по почившим.
https://www.instagram.com/hram_sv_ioanna_kronshtadtskogo?igsh=eXJ2MDBjNzl0cXFm
040714, Алма-Атинская область, город Алатау, ул. Кудайбергенова, 2А