14 апреля 1994 года по просьбе жителей села Ново-Алексеевка (ныне – Байтерек) и по благословению архиепископа Алма-Атинского и Семипалатинского Алексия (Кутепова) (ныне – митрополит Тульский и Ефремовский) был организован православный приход. Изначально богослужения проводились в частном доме, приспособленном под молитвенный, приезжими священниками.
Первый настоятель прихода – священник Анатолий Бойко – был назначен 5 июня 1994 года.
18 октября 1996 года после Божественной литургии и молебна была совершена закладка камня; 2 июня 1997 года после Божественной литургии – закладка первого кирпича; 27 июня 1999 года – центральный купол освятил архиепископ Алексий; 12 сентября 1999 года – подняты и установлены малые купола.
Первое богослужение в новом храме состоялось 21 ноября 1999 года.
2 июня 2000, в день памяти святителя Алексия, митрополита Московского, архиепископ Алексий совершил великое освящение одноименной церкви
В 2007 году на территории установлена купель.
В 2016 году для церкви разработан проект нового иконостаса.
При храме действуют воскресная школа и библиотека.
Святыни храма:
храмовая икона святителя Алексия с частицей его мощей (дар архиепископа Алексия в день освящения престола),
частица мощей святого преподобного Симеона Верхотурского,
частица мощей священомученика Висариона Урджарского,
в антиминс вложены частицы мощей препододобномучеников Серафима и Феогноста Алма-Атинских.
040474, Алма-Атинская область, Енбекшиказахский район, село Байтерек, ул. Элмерек абыз (Ленина), 44