Храм был закрыт в 1929 году, когда на Русскую Православную Церковь обрушилась волна гонений. Только на территории современного Восточного Казахстана тогда прекратили своё существование более семидесяти приходов, преимущественно в сельской местности. Частично эта волна массовых закрытий затронула и города.
30 июня 1929 года состоялось собрание жителей Сергиополя численностью 368 человек. На нём, помимо представителей профорганизаций, присутствовали и прихожане православного храма, так как обсуждался вопрос о его закрытии и передаче здания под больницу рабочего посёлка при строительстве Турксиба.
В результате храм был закрыт и впоследствии использовался для различных нужд. Несмотря на утраты и значительные повреждения, здание сохранилось до наших дней. В настоящее время в этом единственном памятнике русского церковного классицизма на территории края размещён спортивный зал воинской части.
