Ямышевская крепость была построена в 1715 году отрядом подполковника И. Д. Бухгольца по указу Петра I на берегу речки Преснухи. После нападения джунгар крепость была разрушена и вновь отстроена в 1717 году в другом месте – на берегу Иртыша вблизи обрыва.
Первый храм здесь был построен в 1715 году. Это была полевая походная церковь, в которой служили священники, находившиеся в отряде подполковника Бухгольца. После возобновления крепости в 1717 году здесь была построена деревянная церковь во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Со временем эта церковь обветшала и в 1766 году митрополитом Тобольским и Сибирским Павлом (Конюшкевичем) была выдана грамота на строительство новой церкви, тоже деревянной, но уже на каменном фундаменте. Однако в течение десяти лет по бедности прихожан церковь не строилась. В 1775 году пришлось разобрать старую колокольню, которая могла в любой момент рухнуть.
В 1777 году, по ходатайству командира драгунской бригады Сибирского корпуса генерал-майора Антона Даниловича Скалона, в 1776-1777 годах временно исполнявшего обязанности начальника пограничных линий, епископом Тобольским и Сибирским Варлаамом (Петровым) была выдана новая грамота на постройку каменной церкви во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова с двумя приделами: южным – в честь святителя Николая Чудотворца, северным – в честь святителя Димитрия Ростовского. Заложена была церковь, как видно из клировых ведомостей этого храма за 1818 год, 2 сентября 1777 года. По некоторым сведениям церковь была освящена 16 декабря 1803 года. Согласно другим источникам приделы были освящены омским протоиереем Петром Феодоровым в 1782 году, а сама церковь – в 1783 году тем же священником.
Длина церкви, считая с колокольней, 15 саженей; наибольшая ширина 9 саж., высота до верха карниза 3 саж. 2 арш. На церкви имелись четыре главы: две больших и две малых. Окон больших 12, малых – 2. Церковь имела три наружных деревянных двери, обитых железом. В храме было три иконостаса: центральный высотой 9 арш. и шириной 9 арш,, два придельных высотой 5 арш. и шириной 9 арш. 3 верш. Здание храма было весьма прочное, отапливалось двумя кирпичными печами в железных кожухах. Одноярусная колокольня имела высоту до верха карниза 7 саж. 2 арш. При церкви имелась сторожка, представлявшая собой пятистенный деревянный дом в две комнаты с одной кирпичной печью и холодными сенями.
