Богоявленский храм расположен в западной части Алматы, на высоком берегу озера Сайран.
Строительство храма началось в 2009 году — 14 июля митрополит Астанайский и Алма-Атинский Мефодий совершил освящение краеугольного камня.
Уже в декабре 2010 года в цокольном этаже, в нижней церкви, освящённой в честь святителя Серапиона Новгородского, начались регулярные богослужения.
Архитектурный облик Богоявленского храма выполнен в традициях древнего новгородского зодчества — в его формах и пропорциях отчётливо прослеживаются черты старинных русских церквей.
Сегодня храм является одним из заметных духовных центров города — сюда приходят не только для молитвы, но и чтобы прикоснуться к живой православной традиции.