Освящение закладного камня в основание храма совершил митрополит Астанайский и Алма-Атинский Мефодий 24 апреля 2004 года. Место для возведения церкви выбрано ныне покойным архитектором города С.И. Мордвинцевым неслучайно – здесь в 30-х годах ХХ столетия располагалось место захоронения жертв политических репрессий.
Петропавловская церковь Караганды уникальна. Она является единственным в области деревянным храмом, созданным по старинной технологии – без единого гвоздя. Для соединения бревен строители использовали так называемые шканты. Все части сруба пропитаны специальным составом, который препятствует возгоранию и оберегает древесину от воздействия непогоды и насекомых-вредителей.
Изначально церковь строилась в Омске, а после в разобранном виде ее перевезли в Караганду. Открытие церкви состоялось летом 2007 года. Украшают интерьеры храма иконы, написанные карагандинскими изографами в традициях древнерусского искусства.