Село Лебяжье ведет свое начало с августа 1744 года, когда был возведен редут «Лебяжье озеро» – один из опорных пунктов Иртышской оборонительной линии (с 1745 года – Лебяжий редут). Затем редут был преобразован в форпост. Название селение получило по озеру, на котором гнездились лебеди.
В поселке Лебяжинском в 1889 году был построен молитвенный дом, где по праздникам и Великим постом совершались богослужения.
6 июня 1908 года Благочинный протоиерей Александр Павлов подал в Омскую духовную консисторию рапорт, при котором он представил «акт об осмотре молитвенного дома в виде церкви в поселке Лебяжьем Семипалатинского уезда, построенной дочерью хорунжего Надеждой Матвеевной Шишкиной, стоимостью с иконостасом и иконами 5000 руб.». Согласно рапорту, молитвенный дом поселка «видом своим, благодаря устроенной звоннице и внутреннему своему устройству, ничем не отличается от обыкновенных храмов; устроен на указанном и освященном месте, прочно, чисто и согласно утвержденному плану». Благочинный, жертвовательница и прихожане просили об освящении церкви полным освящением во имя Святой Троицы с выдачей Святого Антиминса, приписав церковь к Ямышевской церкви, в приходе которой и состоял поселок Лебяжинский. На основании поданного рапорта, в протоколе заседания Консистории от 29 июля 1908 года сказано: «Ввиду полной готовности к освящению церкви в честь Св. Троицы в поселке Лебяжьем Семипалатинского уезда, обеспеченной всем необходимым для богослужения и построенной на средства благотворительницы Шишкиной, разрешить Благочинному Павлову освятить оную по церковному чиноположению и выдать Св. Антиминс» .
Церковь во имя Святой Троицы – деревянная, крытая железом, на кирпичном цоколе, снаружи обита тесом, а внутри оштукатурена. Длина ее вместе с колокольней 10 саж., наибольшая ширина 5 саж. 1 аршин, высота до верха карниза 2 саж. 2 аршин. На церкви и колокольне две главки, окон больших 14, малых 2, дверей наружных 1, обита жестью – створчатая. Иконостас длиною 14 аршин, высота 4 аршин 3 четв. (оценен в 500 рублей). Церковь отапливалась двумя кирпичными печами в железных кожухах. Колокольня в один ярус общей высотой до верха карниза 4 саж 1 аршин. Ближайшие к церкви чужие постройки: на запад – жилой казачий дом в 28 саж., а на южной стороне ¬ общественный магазин в 32 саж. При церкви отдельно находилась крытая тесом деревянная сторожка, высотою от земли до карниза 31⁄4 аршин, длиною 93⁄4 аршин, шириною 7 аршин.