Оренбург был первой столице КазССР. Но еще задолго до этого был административно связан с Казахской Степью. Оренбургский край до учреждения самостоятельной епархии (до 1799 г.) был подчинен по своим отдельным частям разным епархиальным центрам. 16 октября (27 октября по новому стилю) 1799 г. император Павел I утвердил доклад правительствующего Синода об образовании 5 новых епархий в границах соответствующих губерний, учредив среди прочих Оренбургскую Епархию. Епархии определено было именоваться по губернии – Оренбургской, а епископу – Оренбургским и Уфимским. Местом пребывания архиерея была определена Уфа. Епархия несколько раз, в зависимости от изменения географических границ губернии, области и названия областного центра, меняла свое название. С 1799 г. это епархия Оренбургская и Уфимская, с 1859 г. – Оренбургская и Уральская, с 1908 г. – Оренбургская и Тургайская.
До революции 1917 г. большая часть современной Костанайской области входила в состав Тургайской области, которая включала в свой состав 4 уезда: Тургайский, Николаевский (Кустанайский), Актюбинский и Иргизский. Духовное окормление верующих, которые жили на этой территории осуществляли оренбургские архиереи. Приходы на территории Сарыкольского и Узункольского районов относились к Омской епархии. Православные храмы и приходы до 80-х годов 19-го века можно было встретить только по границам Тургайской области, по т.н. Горькой линии. Так самый старейший в нашей области православный храм был основан в конце 18-го века в казачьей станице Пресногорьковская. По историческим данным храм построили в 1799 году и освятили в честь св. Николая (зимний придел) и Казанской иконы Божией Матери (летний придел). В середине 19-го века в ст.Михайловская (Карабалыкаский район) была построена церковь в честь Архистратига Михаила. С момента прибытия первых поселенцев (70-е годы 19 века) и до 1917г. в Кустанайском уезде было уже построено больше 140 православных церквей (молитвенных домов) и два православных монастыря (мужской и женский).
В ноябре 1914 года было создано Кустанайское викариатство Оренбургской епархии. Первым епископом-викарием в Кустанае стал Серафим (Александров; 14 декабря 1914 — 24 марта 1916 г.). После викариатство принял епископ Леонтий (Вимпфен; с 24 марта по 16 декабря 1916 г). 6 июля 1919 года епископ Леонтий был расстрелян по приказу Кирова. С 16 декабря 1916 года Кустанайскую викариантскую кафедру возглавлял архиепископ Дионисий (Прозоровский). В мае 1923 года он был арестован по обвинению в «выступлении противизъятие церковных ценностей» и был этапирован в Москву.
В 1918 году ставился вопрос о создании вместо Челябинского и Кустанайского викариатств самостоятельных епархий. Архиепископ Мефодий (Герасимов) дал такую резолюцию: «В принципе с постановлением Епархиального собрания согласен. Но фактическое выделение Челябинского и Кустанайского викариатств в самостоятельные епархии отложить до более благоприятного времени и выделение вести постепенно. В первую очередь выделить Челябинское викариатство в самостоятельную епископию с упрощённым управлением. Выделение Кустанайского викариатства временно отложить. Кустанайское викариатство Оренбургской епархии закрыть. Таково мое мнение». Но в 1919 года викарием был вновь назначен Серафим (Александров). Епископом в Костанае он пробыл до 1922 года. 20 ноября 1936 г., будучи епископом другой епархии, он был арестован, обвинялся в распространении антисоветской агитации, и в том, что был обязан делать в соответствии со своим архиерейским саном – награждал священников, повышал их в церковных званиях, оказывал содействие духовенству в других городах, принимал на должности священников ранее репрессированных лиц. Решением Особого совещания при НКВД СССР 27 февраля 1937 г. его приговорили к трем годам ссылки в Казахстан. Был этапирован в Петропавловск. 26 ноября 1937 г. был приговорен к высшей мере наказания решением Тройки Управления НКВД по Северо-Казахстанской области. Известно, что отца Серафима расстреляли 2 декабря 1937 года в Кустанае. 4 апреля 1989 года он был реабилитирован прокуратурой СССР. С 1924 по 1925 года епископом-викарием Кустанайского викариатсва Оренбургской епархии был назначен Николай (Амасийский).
