В начале столетия в обширной по территории Туркестанской епархии, основанной в 1871 году, существовало три монашеских обители: одна — мужская, Свято-Троицкий Иссык-Кульский миссионерский монастырь, расположенный на берегу прекрасного соименного горного озера, и две женские: Свято-Николаевская Ташкентская и Иверско-Серафимовская Верненская. Во все времена в истории Православной Церкви монашеские обители были оплотом Православия, школами духовной жизни, религиозное и нравственное влияние которых на христианское воспитание новообращенных народов было необычайно высоко и многоплодно.
С целью распространения православной веры в Туркестанском крае и духовного просвещения азиатских кочевников, Туркестанский святитель Преосвященный Александр (Кульчицкий) вознамерился зажечь на берегах Иссык-Кульского озера миссионерскую путеводную звезду. В 1882 году он освятил избранное место и установил деревянный крест там, где предполагалось основать мужской Свято-Троицкий миссионерский монастырь.
Первые насельники монастыря приложили много трудов для возведения монастырских стен и зданий и устроения хозяйства, но далекий от российских духовных оазисов Иссык-Кульский монастырь не мог выполнять своих основных миссионерских функций. Для успеха дела нужны были умные сеятели — образованные монахи, но таких в Туркестане не было.
Преосвященный Александр и его преемники по кафедре неоднократно обращались в Священный Синод с просьбой о назначении в монастырь настоятеля и увеличении числа братии. Однако просьбам суждено было долгое время оставаться неудовлетворенными. Синод сносился с некоторыми епархиальными Преосвященными по этому предмету, охотников же отправиться в полудикий в то время Туркестанский край не находилось. Но скорее мать забудет своих детей, нежели Господь Своих избранных.
Радостное умножение братии последовало в 1886 году, когда в монастырь приехали одиннадцать иноков из Свято-Михайловской Закубанской пустыни, а в 1894 году на берега величественного Иссык-Кульского озера решили отправиться с не менее грандиозного Ладожского озера, с острова Валаама, восемь иноков во главе с игуменом Севастианом, принеся с собой дух Валаамской обители. Несколько лет спустя, уже в начале XX столетия, в монастырь были приглашены из прославленной старцами Рождество- Богородицкой Глинской пустыни Курской епархии несколько иноков, в числе которых были монахи Серафим (Богословский), Феогност и Анатолий. Известно, что они вели высокоподвижническую жизнь и были образованными иноками. Кроме того, отец Серафим был наделен иконописным талантом и имел прекрасный певческий голос, отец Анатолий был замечательным певчим и незаурядным регентом, отец Феогност имел хорошие административные способности. В Свято-Троицком монастыре глинские иноки сблизились с монахами Пахомием и Ираклием.
